Tiền thân của Công ty TNHH Một Thành Viên Đóng Tàu An Phú là Xí nghiệp Liên Hợp Đóng Tàu thành lập năm 1979.
Năm 1993, để phù hợp với nhu cầu phát triển sản xuất và sắp xếp lại các Doanh nghiệp Nhà nước, Xí nghiệp Liên Hợp Đóng Tàu được đổi tên thành Công ty Đóng tàu An Phú theo Quyết định số 44/QĐ-UB ngày 26/03/1993 của UBND TPHCM